自営業を営む個人（個人事業主）や年金生活者などは、 収入や費用を自分で申告しなければならない。
申告時期は、毎年度、翌年2月16日から3月15日までの1か月間である。
期日が土曜日・日曜日と重なると順次繰り下げ、月曜日までとなる。
ただし、源泉徴収額が所得税額より多く、 還付を受ける場合（=還付申告）は申告期限前にあたる翌年1月1日 （税務署の窓口に提出する場合は、官庁御用始めとなる 1月4日以降の最初の平日）から2月15日 （ただし、日曜日・土曜日に重なる場合はそれぞれ2月16・17日） までの間でも申告書を提出することができる。
なお納税申告となる者が誤って2月15日以前に申告書を提出した場合も、 申告時期まで税務署等が預かるとみなして申告書を収受するため、 提出を拒まれるという訳ではないが、申告時期以前に納税した場合、 その税金は申告時期が到来するまでは税として納付すべき原因がないのに 納付済みになっている「過誤納金」として扱われるため注意が必要である。
また、還付申告は課税対象期間の翌年から5年後まで申告が可能である。 確定申告により納付すべき税金がある場合、 期限後の申告には無申告加算税[1]が加算される。 また、納付期限後の納付には延滞税[2][3]が加算されることがある。
なお広報案内や確定申告の手引き等には通常 「所得税の確定申告の提出期間は2月16日から3月15日までです」 といった表現がされており、 提出期間を過ぎた後の申告書の提出の取り扱いについては原則何も されていないため 「確定申告期限を過ぎると翌年の2月16日まで 確定申告の提出を受け付けてもらえなくなる」 と誤解している納税者が多い。
しかし、確定申告書の提出自体は （無申告加算税や延滞税の賦課を承知の上で行うのであれば） 前述の時効が訪れない限り、一年中いつでも可能である。
また還付申告の場合は申告期限が設けられている 一部の例外を除いて確定申告期限そのものが無いため、 時効前であれば一年中いつでも問題なく提出できる。
ただし、同一人物が同一年度中に複数枚の確定申告書を 提出することはできない （もし誤って複数枚提出した場合は期限内であれば最後の申告が有効。
期限後であれば修正申告または更正の請求の手続が必要）。

源泉徴収票（げんせんちょうしゅうひょう）とは、 給与・退職手当・公的年金等の支払をする者が、 その支払額及び源泉徴収した所得税額を証明する書面である。
給与・退職手当・公的年金等の支払者が2通作成し、 1通を税務署に提出し（一部を除く）、1通を支払を受ける者に交付する。
「給与所得の源泉徴収票」には、1月1日から12月31日までに 支払われた給与等の支払金額(一般的なサラリーマンにとっての “年収”にあたる)や所得税の源泉徴収税額が記載されている。
給与等の支払者により年末調整が実施された場合は、 扶養親族の数や年間の社会保険料額等が記載される。
給与等の支払をした翌年の1月31日まで (年の中途の退職者については退職日から1か月以内)に交付しなければならない。
「退職所得の源泉徴収票」には、 退職手当等の支払金額や所得税の源泉徴収税額が記載されており、 退職日から1か月以内に交付しなければならない。
「公的年金等の源泉徴収票」には、 1月1日から12月31日までに支払われた公的年金等の支払金額や所得税の 源泉徴収税額が記載されており、 支払をした翌年の1月31日までに交付しなければならない。